अंडे अंडे देने वाली मुर्गियों के क्लोअका से पैदा होते हैं, और आंतों के सूक्ष्मजीव सतह से जुड़े होते हैं, और प्रदूषित वातावरण में बड़ी संख्या में रोगजनक बैक्टीरिया संक्रमित होते हैं। नमूनाकरण सर्वेक्षणों से पता चला कि 10 प्रतिशत अंडों की सतह पर साल्मोनेला मौजूद था, और 64 प्रतिशत अंडों की सतह पर ई. कोली मानक से काफी अधिक था।
अंडे की सतह पर सूक्ष्मजीव और रोगजनक बैक्टीरिया अंडे के छिलके पर अनगिनत छिद्रों के माध्यम से अंडे में प्रवेश करेंगे और बड़ी मात्रा में गुणा करेंगे, जिससे अंडे की गुणवत्ता गंभीर रूप से प्रभावित होगी और खाने वाले को नुकसान होगा। अंडे के संदूषण को रोकने का एकमात्र तरीका अंडे के उत्पादन के बाद जल्दी से साफ और कीटाणुरहित करना, हानिकारक बैक्टीरिया को मारना, उनके दूषित पदार्थों को निकालना और विभिन्न प्रकार के कीटाणुओं और हानिकारक पदार्थों को पूरी तरह से खत्म करना है जो पोल्ट्री उत्पादन प्रक्रिया में अपरिहार्य हैं।